Von Anfang an gehörte Bechtoldsweiler zum Amt Stein und damit auch zur dortigen Pfarrei. Der Überlieferung nach ließ im Jahre 1719 ein
unverheirateter „frommer Guttäter“ namens Lambert Kaus eine Kapelle und davor ein Wohnhäuschen errichten. Der Stifter bewohnte das kleine Häuschen und versah den Mesnerdienst. Nach seinem Tode hinterließ er ein Kapital von 1200 Gulden für den Bau einer neuen Kirche. Auf diese Stiftung weisen noch heute die Initialen L(ambert) K(aus) F(ecit = hat errichtet) über dem Portal hin sowie die Lambertus-Statue mit Kirchenmodell auf der Empore.

In der Tat wurde 1812, nachdem die Kapelle zu klein geworden war, die jetzige Kirche erbaut und dem hl. Wendelin geweiht. Der damalige Pfarrer von Stein, Josef Rainer, habe sich am Bau „sehr tätig gezeigt und gleichsam den Bauführer gemacht“, so die Schul- und Ortschronik.
So konnte am 26. Juni 1833 von Weihbischof Hermann von Vicari, dem späteren Erzbischof von Freiburg, das neue Kirchlein feierlich eingeweiht werden (in der gleichen Woche, in der auch die Kirchen von Sickingen und Stein konsekriert wurden). 1841 entstand ein eigener Friedhof, nachdem bis dahin die Toten in Stein ihre letzte Ruhe fanden.

Eine besondere Beziehung zur Diözesanhauptstadt Freiburg bestand um die Jahrhundertwende durch den in Bechtoldsweiler geborenen und
künstlerisch hochbegabten Josef Reiber (1878-1953). Dieser war lange Jahre als Bildhauer an der Freiburger Münsterbauhütte tätig, bevor er sich seinen musikalischen Fähigkeiten widmete und schließlich 1931 mit der Ernennung zum Musikdirektor belohnt wurde.