Der heutige Bau wurde unter dem Fürsten Joseph Wilhelm von 1779-1783 nach Plänen des französischen Baumeisters Pierre-Michel d`Ixnard (1723-1795) errichtet. Dieser war der erste Architekt, der in Süddeutschland den frühklassizistischen Stil konsequent umsetzte. Er hatte bereits künstlerisch beeindruckende Bauten wie die Kirchen in St. Blasien und in Bad Buchau geschaffen, als er den Auftrag für die Hechinger Stiftskirche erhielt, die zum Glanzstück des Klassizismus im süddeutschen Raum werden sollte. Die Ausführung von d`Ixnards Plänen lag zeitweilig in den änden von Christian Großbayer aus Haigerloch, der (nach Differenzen mit d`Ixnard) 1781 von Johann Georg Scheyer abgelöst wurde. Dennoch konnte am 12.10.1783 Fürstbischof Maximilian von Konstanz die Kirche zu Ehren des hl. Jakobus des Älteren einweihen.
Die Kirche wurde zu einem eindrucksvollen Glaubenszeugnis einer Zeit, deren Formensprache sich abwendet von der üppigen barocken Raumgestaltung. Symmetrie und Nüchternheit waren die Ideale des Klassizismus, der von etwa 1750-1840 plastische und architektonische Elemente der Antike aufgriff. Auslöser dafür waren u.a. die Entdeckung römischer Städte wie Pompeji, Herculaneum und der griechischen Tempel in Paestum. Nicht zuletzt die Erschließung vieler neu entdeckter Kunstschätze aus griechischer und römischer Blütezeit durch Werke von Antonio Canova und Johann J. Winckelmann sowie durch neue Museen (1753 das British Museum, 1770 die Vatikanischen Museen, 1793 der Louvre und 1797 das Kaiser-Friedrich-Museum in Berlin) machen den Klassizismus zu einer prägenden gesamteuropäischen Epoche.
Die Vorgängerkirche
Die erste Pfarrkirche Hechingens befand sich in der Unterstadt, bereits 1328 ist als solcher von der St.-Luzen-Kirche die Rede. Mit zunehmender Ausdehnung der Stadt in die „Oberstadt“ wurde dort ab 1472 ebenfalls eine Kirche erbaut, an die mit der Weihe im Jahr 1488 die Pfarreirechte übertragen wurden. Diese Kirche „Unserer lieben Frau und St. Jakob“ war eine hohe, aber kurze Hallenkirche (sie bedeckte nicht mehr als etwa die Hälfte des heutigen Langhauses) mit gewölbtem Polygonalchor sowie einem Turm mit vier Giebeln und steilem, achtseitigem Helm.
1495 errichtete Graf Eitelfriedrich II. gemeinsam mit seinem Bruder Bischof Friedrich von Augsburg an der Kirche ein Kollegiatstift für 12 Stiftsherren, das bis 1806 bestand. Seither führt die Kirche die Bezeichnung Stifts- und Pfarrkirche. 1512 wurde Eitelfriedrich II. im Chor beigesetzt. Die wertvolle Renaissance-Grabplatte (Peter Vischer aus Nürnberg zugeschrieben), die ihn zusammen mit seiner Gemahlin Magdalena von Brandenburg (gest. 1496) zeigt, ist heute im nördlichen Aufbau des Chorraumes eingelassen. Obwohl die Kirche mehrfach instand gesetzt
wurde (1613 und 1732), wurde sie zunehmend baufällig. Nach einer gründlichen Inspektion durch kirchliche und fürstliche Bauinspektoren wurde der Abbruch beschlossen, der am 11. 11. 1778 begann.
