Mönche vom Kloster St. Denis bei Paris kamen im 9. Jh. als Missionare in unsere Gegend und gründeten Kirchen zu Ehren des hl. Dionysius. Zu diesen dürfte auch die erste Schlatter Kirche gehört haben. Erstmals urkundlich erwähnt wird 1275 im „liber decimationis“ der Diözese Konstanz die Pfarrei Schlatt mit drei Filialen, von denen heute nur noch Beuren existiert. 1546 wurde die Pfarrei Schlatt durch Graf Jos Niklas II. aufgehoben und der Pfarrei Jungingen als Filiale eingegliedert, bis es 1947 zur Kuratie erhoben wurde.

Die ehem. Pfarrkirche und jetzige Friedhofskapelle wurde 1426 errichtet, was ein sog. „Feierabendziegel“ dokumentiert, der bei der Renovierung 2002 gefunden wurde. Sicher gab es einen Vorgängerbau, zumal heute noch Ausstattungsgegenstände aus dem 13. Jh. erhalten sind, so der frühgotische Taufstein und die kleinere der zwei Glocken.

Nachdem sich das Dorfl eben immer mehr ins Tal verlagerte und die Kirche auf der Anhöhe zu klein geworden war, wurde 1899 mit dem Neubau begonnen. Den Grundstock dafür legte der Kaufmann und Altvogt Nikolaus Maurer durch das Vermächtnis von 60.000 Mark, während das Baumaterial günstig durch die ortsansässige Ziegelfabrik Blank geliefert wurde. Die Backsteinkirche wurde in neugotischem Stil nach den Plänen des Landeskonservators Wilhelm F. Laur erbaut und am 21. Juni 1902 durch Erzbischof Dr. Thomas Nörber aus Freiburg feierlich konsekriert. Umfassend renoviert wurde die Kirche 2003 außen sowie 2006 innen.