Der Kirchenbau entspricht der einfachen Bauweise eines Bettel- und Gebetsordens. Die gotischen Grundelemente wie Strebepfeiler und Säulenbündel, Spitzbögen und Rippengewölbe blieben unverändert erhalten. Typisch sind auch die großen Maßwerkfenster, die den Kirchenraum
mit Licht erfüllen und zugleich höher erscheinen lassen wollen. Damit soll der Himmel auf die Erde geholt und der Himmelssaal auf Erden symbolisiert werden. Zugleich soll die Hinwendung zu Gott und das Verlangen nach innerer Gottesanschauung gefördert werden.

Ähnlich in die Höhe geführt wird das Auge des Betrachters durch das 9 m hohe kostbare Sakramentshäuschen links vom Hochaltar. Dieses Kunstwerk der Spätgotik (Ende 15. Jh.) besticht nicht nur durch die plastischen Figuren, sondern auch durch deren spiralenförmige Anordnung, die den geschraubten Fuß nach oben fortsetzt.

Rund 300 Jahre später (Ende 18. Jh.) wurde der Altarraum durch das Chorgestühl und einen Zelebrantensitz rechts vom Hochaltar ergänzt. Auf dem kunstvoll gestalteten Baldachin im Zopfstil, dem Vorläufer des Klassizismus, steht der hl. Dominikus, der Gründer des Predigerordens.

Die Krypta unter der Kirche diente dem Stifter, Graf Friedrich dem Erlauchten von Zollern, sowie der fürstlichen Familie als letzte Ruhestätte. Aufgrund der Aufl ösung des Klosters wurden 1804 die Gebeine nach Hechingen in die Fürstengruft überführt.

Das ehemalige Kloster

Die ehemalige Klosteranlage war ein quadratischer, zweigeschossiger Bau, 60 m im Geviert, der 101 Räume umfasste. In den jetzigen Ruinen
neben der Johanneskapelle war wohl der Kapitelsaal untergebracht, wo sich die Ordensfrauen regelmäßig versammelten. Erstmals ist 1267 urkundlich von „Stetten im Gnadenthal“ und „Maria Gnadenthal“ die Rede.

Das Kloster wuchs zunächst durch eine Reihe von Schenkungen. 1422 wurde es jedoch zum Hauptquartier der 3500 Belagerer der Burg Hohenzollern. Kaum hatte es sich von den Plünderungen erholt, wurden die Klostergebäude um 1470 Opfer eines großen Feuers.

Bevor 1633/34 im 30-jährigen Krieg die Schweden einmarschierten, konnte man rechtzeitig alle Wertsachen auf die Burg Hohenzollern schaffen.1634 zwangen die Württemberger zwar die Schweden zum Rückzug, doch im Gegenzug kam das Kloster unter württembergische
Herrschaft. Im Zuge der Säkularisation 1803 wurde das Kloster den Hechinger Fürsten zugeteilt. Bei der Aufl ösung des Klosters wurde den
Ordensfrauen jedoch das Absterberecht eingeräumt. Dadurch konnten sie das Kloster sofort verlassen (was viele taten) oder bis zu ihrem Tod
im Kloster bleiben. Als 1867 die letzte Dominikanerin Gundi Salva Utz starb, ging mit ihr nach genau 600 Jahren eine lange Tradition zu Ende.
Ein Gedenkstein an der äußeren Nordseite des Chorraums erinnert heute noch an die letzte Nonne des Gnadentaler Klosters.

1869 bezogen Franziskanermönche auf Betreiben des Hechinger Stadtpfarrers Schön das Kloster. Aber der Kulturkampf und Unstimmigkeiten
mit der politischen Gemeinde führten dazu, dass die Patres bereits nach sechs Jahren wieder abzogen. Die Gebäude wurden als Schuhfabrik genutzt, doch 1898 zerstörte ein großer Brand alle Wirtschaftsgebäude des Klosters.